これはまだ自分の運命に気づかぬ一人の男の物語――。

遥かな時間が過ぎ去った遠い未来。人類は地中深くに生存圏を見出し、そこに生きていた。時折村を襲う地震と落盤。人々の心は小さく凝り固まって何百年も息を潜めるように暮らしてきた。
そんな集落の一つであるジーハ村に二人の男がいた。一人は内気な少年・シモン。
もう一人は地上があることを信じて疑わない男・カミナ。二人の運命は、村の天井が崩れ去ったときに大きく動き出した。
崩れた天井と共に落ちてきたのは、顔が胴体の巨大なメカ・ガンメンと超電導ライフルを持った少女・ヨーコ、そして空から降り注ぐ太陽の光だった。
「やっぱり地上はあったんじゃねえか！」地上の存在を夢見ていたカミナの想いと共に、二人はヨーコを新たな仲間に加え、そしてシモンが掘りあてたメカ・ラガンに乗って遥かなる地上へと飛び出す！

だがしかし、夢に見た地上は螺旋王が君臨し、その配下であるガンメンに乗った獣人たちが支配する世界だった。そんな絶望的な世界にカミナとシモンは挑んでいく。今まで皆が「常識」として捉えていたものを次々と破りながら進んでいく二人の姿に、次第に共感する人も増えていく。

だが、そんな二人の前に圧倒的な力の壁が立ちふさがる。
敗北を予感したそのとき、カミナが選んだ選択は――グレンとラガンの合体！
誰もが不可能と思われた合体は、奇跡を呼び、新たなる力「グレンラガン」が誕生する。
それは螺旋王への反撃の狼煙、そして更なる戦いへの幕開けでもあった。
だが、男が自らの運命に気付くのはまだ先のこととなる――